Programme

Programme

Mercredi 9 octobre

Session 1 : 9h30 - 12h05

Président : Nicolas Renon, CALMIP

9h30 - 9h45 : Ouverture - vidéo

Nadine Marouze, CNRS, CALMIP et Geneviève Romier, CNRS, France-Grilles

9h45 - 10h  : Allocution de bienvenue - vidéo

Philippe Raimbault, Président de l'Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

10h - 10h25 Keynote : Infrastructures de traitement de données : vers un datalake CNES - vidéo

Jean-Pierre Gleyze, Infrastructure, Système d'information scientifique et Applications, CNES

10h25 - 10h50 KeOps: seamless Kernel Operations on GPU, with auto-differentiation and without memory overflows - vidéo
Benjamin Charlier 1, Jean Feydy 23, Joan Alexis Glaunès 4, Ghislain Durif 1
1 : 
Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck, Université de Montpellier, CNRS
2 : ENS Cachan
3 : ENS Paris
4 : MAP5 - Mathématiques Appliquées à Paris 5,
CNRS, Université Paris Descartes

10h50 - 11h15 Portage efficace d'un code de calcul en mécanique des fluides sur GPUs sans coder une ligne de CUDA (ou presque) - vidéo
Annaïg Pedrono 1, Aurélie Louis-Napoléon 1, Pierre Elyakime 1, Maxime PIGOU 1, Mickaël Duval 2, Nicolas RENON 2
1 : Institut de mécanique des fluides de Toulouse, Institut National Polytechnique [Toulouse], Université Paul Sabatier, CNRS
2 : Calcul en Midi-Pyrénées, Institut National Polytechnique [Toulouse], Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse, Université Paul Sabatier, PRES Université de Toulouse, CNRS

11h15 - 11h40 Portage sur GPU d'un code Fortran HPC grâce à OpenACC - vidéo
Joeffrey Legaux, CERFACS

11h40 - 12h05  Démonstration : Comment et pourquoi passer d'un traitement à base de job array au framework Dask - vidéo
Guillaume Eynard-Bontemps, CNES

Présentation

Cocktail déjeuner - Posters : 12h05 - 13H40

Session 2 : 13h40 - 15h30

Présidente : Catherine Biscarat

13 h 40 - 14 h 05 Le HPC temps réel : un outil décisif pour la performance d'un service météorologique, 5 fois plus de puissance de calcul pour des prévisions 12 fois plus rentables - vidéo

Alain Beuraud, Météo France

14h 05 - 14 h 30 Déploiement de la plateforme de traitement des données phénotypage haut débit 4P sur l'infrastructure France Grilles - vidéo
Vincent Negre 1, Eric David 2, Philippe Burger 3, Romain Chapuis 4, Boris Adam 5,  Anne Tireau 6, Patrick Moreau 3, Antony Tong 2, Samuel Thomas 7, Gallian Colombeau 8, Pascal Neveu 6, Jérôme Pansanel 9, Frédéric Baret 10 , Marie Weiss 10
1 : Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux, INRA, Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier
2 : Ephesia
3 : AGroécologie, Innovations, teRritoires, Institut National Polytechnique [Toulouse], INRA, Institut National Polytechnique (Toulouse)
4 : UE0398 MELGUEIL DIASCOPE, INRA
5 : UE1375 PHACC Phénotypage Au Champ des Céréales, INRA
6
 : Mathématiques, Informatique et STatistique pour lÉnvironnement et lÁgronomie, INRA
7
 : ARVALIS - Institut du Végétal
8 : Hiphen
9 : Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, Université de Strasbourg, CNRS
10 : EMMAH Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes, INRA

14h30 - 14h45  CEBA, un data lake dédié à l'observation des écosystèmes environnementaux - vidéo
Francis Ogereau  1, Vincent Breton  2, Alexandre Claude  2, David Grimbichler  3, Antoine Mahul  3, Gilles Mailhot  4, Jérémy Mezhoud  5, Christine Plumejeaud  6, Laurent Royer  2,  Estelle Théveniaud  7, Richard Vandaele  2, David Sarramia  2
1 :I-Site Clermont, Université de Clermont-Ferrand
2 : Laboratoire de Physique de Clermont , IN2P3, CNRS
3 : Mesocentre Clermont, Université de Clermont-Ferrand
4 : Université Clermont Auvergne, CNRS, SIGMA Clermont, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand
5 : CEBA, I-Site Clermont
6 : LIttoral ENvironnement et Sociétés, Université de La Rochelle, Centre National de la Recherche Scientifique
7 : Laboratoire de Géographie Physique et Environnementale, Université Clermont Auvergne

14h45 - 15h AgGlob : Calcul et workflow pour la simulation informatique de modèles agronomiques à l'échelle de la France - vidéo
H.Raynal  1, E. Ancelet  1, C. Le Bas  2, P. Bertuzzi  3, E. Cahuzac 4, E. Casellas  1, P. Chabrier  1, T. Poméon  4, B. Toutain  2
1 : UR 875 MIAT, INRA Occitanie-Toulouse
2 : US 1106 INFOSOL, INRA Centre Val de Loire
3 : US 1116 Agroclim, INRA Provence Alpe Côte d'Azur
4 : US 0685 ODR, INRA Occitanie-Toulouse

15h00 - 15h15 Projet DOMA : Retour sur la première année des études faites autour des futurs services de stockage de données scientifiques. - vidéo
Eric Fede, CC-IN2P3, CNRS

15h15 15h30 Comparaison de structures anatomiques et calculs intensifs en paléoanthropologie - vidéo
Jean Dumoncel 1, José Braga 1, Emmanuel Courcelle 2, Nicolas Renon 2
1 : Anthropobiologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Université Paul Sabatier, CNRS
2 : CALMIP, Université Paul Sabatier, Institut National Polytechnique de Toulouse, Institut Supérieur de l'Aéronautique et de l'Espace (ISAE), CNRS, PRES Université de Toulouse

Pause posters : 15 h 30 - 16 h

Session 3 : 16h - 17h50

Présidente : Marie-Sophie Cabot

16h00 - 16h25 Retour d'expérience de l'école OpenMOLE “ExModelo”, organisée en partenariat avec le méso-centre du CRIANN - vidéo
Hélène Arduin 1, Paul Chapron 2, Béatrice Charton 3, Guillaume Chérel 4, Etienne Delay 5, Benoist Gaston 3, François Lavallée 6, Mathieu Leclaire 4, 7,  Jonathan Passerat-Palmbach 8, Pierre Peigne 9, Julien Perret 2, 4, Juste Raimbault 4, Romain Reuillon 4, 7, Sébastien Rey-Coyrehourcq 10
1 : UMR Inserm 1037 CRCT
2 :
Univ. Paris-Est, LaSTIG STRUDEL, IGN, ENSG
3 :
Centre Régional Informatique et d'Applications Numériques de Normandie (CRIANN), Région Normandie
4 :UPS CNRS 3611 ISC-PIF
5 : CIRAD UPR GREEN
6 : Irstea, LISC
7 : UMR CNRS Géographie-cités 8504
8 : Imperial College London / ConsenSys
9 : Ecole 42
10 : UMR CNRS IDEES 6266

16h25 - 16h50 Quelques usages du HPC pour la simulation de phénomènes spatialisés en géographie quantitative - vidéo
Arnaud Banos 1, Juste Raimbault 23, Sébastien Rey-Coyrehourcq 1
1 : Identités et Différenciation de lÉnvironnement des Espaces et des Sociétés, Université de Rouen Normandie, Université de Caen Normandie, Université Le Havre Normandie, CNRS
2 : Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France, ENS - Cachan, Université Panthéon-Sorbonne, Université Paris-Sud, Université Pierre et Marie Curie, Ecole Polytechnique, Institut Curie, CNRS
3 : Géographie-cités, Université Panthéon-Sorbonne, Université Paris Diderot, CNRS

16h50 - 17h50 Table ronde "Evolution des usages des communautés SHS"  - vidéo
Animation : Violaine Louvet, GRICAD
Participants : Sébastien Rey-Coyrehourcq 1,Jean-Marc Francony 2, Céline Parzani 3
1 : Identités et Différenciation de lÉnvironnement des Espaces et des Sociétés, Université de Rouen Normandie, Université de Caen Normandie, Université Le Havre Normandie, CNRS
2 : UMR PACTE, Université Grenoble Alpes
3 :
TSE-R / UMR 5314, CNRS

Jeudi 10 octobre

Session 1 : 9h - 10h15

Présidente : Sorina Pop

9h - 9h25 Accélérer l'analyse de simulations numériques en préparation aux missions d'observation satellite des océans: cas d'utilisation des outils de l'écosystème PANGEO sur clusters HPC, cloud et HPC nationaux. - vidéo
Aurélie Albert 1, Frédéric Briol 2, Laurent Brodeau 3, Gérald Dibarboure 4, Guillaume Eynard-Bontemps 4, Julien Le Sommer 1, Aurelien Ponte 5
1 : IGE CNRS ; 2 : CLS ; 3 : Ocean-Next ; 4 : CNES ; 5 : LOPS

9h25 - 9h50 Vers un environnement reproductible pour les blocs-notes Jupyter - vidéo
Ludovic Courtès, Inria

9h50 - 10h15 SILECS, une infrastructure pour les expériences à grande échelle en informatique - vidéo
Christian Perez, Inria

Pause posters : 10h15 - 11h

Session 2  : 11h - 12h15

Présidente : Sorina Pop

11h - 11h25 Modélisation de l'intéraction étoile-planète(s) : une étape cruciale dans la caractérisation des systèmes planétaires - vidéo
Benjamin Tessore, George Pantolmos
Institut de Planétologie et d’Astrophysique de Grenoble, CNRS, Université Joseph Fourier, Université Grenoble Alpes

11h25 - 11h50 Reproductibilité et répétabilité - peut-on les négliger en calcul à haute performance ? - vidéo
David Hill, Université Clermont Auvergne

11h50 - 12h15 Démonstration : TiledViz : Tiled Visualization for HPC simulations - vidéo
Martial MANCIP, Maison de la Simulation, CNRS

Cocktail déjeuner - Posters : 12h15 - 13H45

Session 3 : 13h45 - 15h30

Président : Bernard Dussoubs

13h45 - 14h10 Software Heritage: source code archival and analysis at the scale of the world - vidéo
Stefano Zacchiroli, Inria

14h10 - 14h25 Calculs de chimie quantique distribués entre méso-centres avec Quantum Package - vidéo
Anthony Scemama 1, Patrick BOUSQUET-MELOU 2, Marie-Sophie Cabot 2, Nicolas Renon 3
1 : IRSAMC-Lab. de Chimie et Physique Quantiques, CNRS
2 : Centre Régional Informatique et d'Applications Numériques de Normandie (CRIANN)
3 : Calcul en Midi-Pyrénées, Institut National Polytechnique [Toulouse], Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse, Université Paul Sabatier, PRES Université de Toulouse, CNRS

14h25 - 14h40 Meeting intensive and diverse computational requirements for chemists: insights from PSMN@Lyon - vidéo
Jiang Tao, Laboratoire de Chimie, ENS de Lyon, Université de Lyon, CNRS, Institut de Chimie de Lyon

14h40 - 15h05 Application of OpenFOAM on supercomputers to permafrost modeling - vidéo
Laurent Orgogozo 1, Anatoly Prokushkin 2 , Oleg S. Pokrovsky 1, Christophe Grenier 3, Michel Quintard 4, Jerome Viers 1, Stephane Audry 1
1 : Géosciences Environnement Toulouse, Institut de Recherche pour le Développement, Université Paul Sabatier, Observatoire Midi-Pyrénées, CNRS
2 : Sukachev Institute of Forest, Krasnoiarsk, Russie
3 : Laboratoire des Sciences du Climat et de lÉnvironnement, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives, Université Paris-Saclay, CNRS
4 : Institut de mécanique des fluides de Toulouse, Institut National Polytechnique, Université, Paul Sabatier, CNRS

15h05 - 15h30 Simulation de la multimérisation des alpha-synucléines sauvages et mutantes en relation avec la maladie de Parkinson.
Adrien Guzzo 1, Patrice Delarue 1, Adrien Nicolaï 1, Gia Maisuradze 2, Patrick Senet 12
1 : Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon], Université de Bourgogne, CNRS
2 : Baker Laboratory of Chemistry and Chemical Biology, Cornell University

Pause posters : 15h30 - 16h15

Session 4 : 16h15 - 17h15

Présidente : Violaine Louvet

16h15 - 16h30 OpenDose calcul : un an après - video
Gilles Mathieu 1 Maxime Chauvin 2, Camarasu-Pop Sorina 3, Axel Bonnet  3, Manuel Bardiès 2, Isabelle Perseil 1
1 : Département du Système d'Information de l'INSERM
2 : Centre de Recherche et de Cancérologie de Toulouse, INSERM, Université Toulouse 3, CRCT
3 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, Université Jean Monnet, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, C
NRS

16h30 - 16h45 Utilisation des clusters de calcul en cancérologie : application à l'étude de l'hétérogénéité cellulaire des tumeurs - video
Frédéric PONT, Pôle technologique du CRCT. Centre de Recherche et de Cancérologie de Toulouse, INSERM UMR1037, Université Toulouse III Paul-Sabatier. ERL 5294 CNRS, Toulouse. Laboratoire d’Excellence Toulouse Cancer, TOUCAN;

16h45 - 17h Checkpointing automatique avec CRIU, appliqué au downscaling de variables climatiques - vidéo
Bruno Bzeznik 1, Maya Guéguen 2
1 : Grenoble Alpes Recherche Infrastructure de Calcul Intensif et de Données  (GRICAD), Université Grenoble Alpes, CNRS, Institut polytechnique de Grenoble
2 : Laboratoire d'écologie alpine, CNRS, Université Joseph Fourier, Université de Savoie

17h - 17h15 Restitution du hackathon "machines de calcul" - vidéo
Richard Randriatoamanana 1, Fabrice Roy 2, Anne Cadiou 3, Bernard Dussoubs 4
1 : Institut de Calcul Intensif, Ecole Centrale de Nantes
2 : LUTH, CNRS, Observatoire de Paris, Université PSL, Université Paris Diderot
3 : Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique, CNRS, Université Claude Bernard, Ecole Centrale de Lyon, Institut National des Sciences Appliquées Lyon
4 : Institut Jean Lamour - LabEx DAMAS

17h30 - Visite de CALMIP

19h15 - Cocktail dînatoire

Vendredi 11 octobre

Session 1 : 9h - 10h30

Président : Gilles Mathieu

9h - 9h25 Update about EGI ands services to support user communities and Federation's participants - vidéo
Baptiste Grenier, egi.eu

9h25 - 9h50 Intégration d'un cloud OpenStack à plusieurs fédérations de cloud - vidéo
Cyrille TOULET, Mésocentre de Lille, Université de Lille

9h50 - 10h05 VIP : towards data interoperability through CARMIN - vidéo
Axel Bonnet 1, Pascal Wassong 2, Frederic Cervenansky 1, Tristan Glatard 3, Camarasu-Pop Sorina 1
1 : Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de lÍmage pour la Santé, Université Claude Bernard, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, Université Jean Monnet, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, CNRS
2 : IPHC, IN2P3, CNRS
3
 : Concordia University, Quebec, Canada

10h05 - 10h30 EOSC et France Grilles : prochaines étapes - vidéo

Volker Beckmann, IN2P3, CNRS

Pause posters : 10h30 - 11 h

Session 2  : 11h - 12h15

Président : Jérôme Pansanel

11h - 11h25 Calcul intensif, traitement des grands volumes de données et Intelligence Artificielle : vision et actions du CNRS - vidéo

Denis Veynante, Président du comité directeur de la Mission Calcul - données (MiCaDo), Michel Daydé,  Directeur du Comité de Pilotage de MiCaDo (COCIN)

11h25 - 11h50 Actualité GENCI - vidéo

Philippe Lavocat représenté par Elise Quentel et Jean-Philippe Proux, GENCI

11h50 - 12h15 Services et infrastructures numériques - vidéo

Marie-Christine Plançon, MESRI

Cocktail déjeuner - Posters : 12h15 - 13H45

Session 3 : 13h45 - 16h

Président : Christian Perez

13h45 - 14h45 Table ronde " Les Plans de Gestion des Données des projets Scientifiques, quels impacts pour les centres de Calcul et de Données ? " - vidéo

Animation : Nicolas Renon, CALMIP

Participants : Windpouire-Esther Dzale-Yeumo 1, Emmanuel Courcelle 2, Jean-Yves Nief 3, Jean-Philippe Proux 4, Geneviève Romier 3 5
1 : INRA

2 : CALMIP
3 : CC-IN2P3, CNRS
4 : GENCI
5 : France-Grilles (FG-iRODS)

14h45 - 15 h10 CALLISTO : Une interface pour le partage et l'analyse semi-automatique de données. - vidéo
Thierry Louge, orateur Emmanuel Courcelle, Calcul en Midi-Pyrénées, Institut National Polytechnique [Toulouse], Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse, Université Paul Sabatier, PRES Université de Toulouse, CNRS

15h10 - 15h25 Plans de Gestion de Logiciel, les apports du projet PRESOFT - vidéo
Geneviève Romier 1, Vincent Breton 2
1 : CC-IN2P3, CNRS
2 : Laboratoire de Physique de Clermont , IN2P3, CNRS

15h25 - 15h50 Démonstration Making containers easier with HPC Container Maker - vidéo
Frédéric Parienté, NVIDIA Corp

15h50 - 16h Clôture - vidéo

Nicolas Renon, CALMIP

POSTERS

AbcRanger a fast, scalable library for model choice and parameter estimation based on approximate bayesian computation
François-David Collin 2 A. Estoup 1 , J.-M. Marin 2 , L. Raynal 2
1 CBGP, INRA, CIRAD, IRD, Montpellier SupAgro, Univ. Montpellier, Montpellier,
France
2 Université de Montpellier, CNRS, IMAG UMR 5149, Montpellier, France

Une expérience des conteneurs sur HPC. Mise en œuvre de la chaîne de traitement iota2 et de ses applications connexes.
Yves AUDA, Géosciences Environnement Toulouse, CNRS

FG-iRODS : un service de gestion de données pour les communautés scientifiques à l'échelle nationale et européenne basé une infrastructure fédérée
Emmanuel Medernach 1, Jérôme Pansanel 1, Raphaël Flores 2, Christine Gondrand 3, Patrick Moreau 4, Vincent Negre 5, Genevieve Romier 6
1 :  Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, Université de Strasbourg, CNRS
2
 : Unité de Recherche Génomique Info, Institut National de la Recherche Agronomique
3 : Laboratoire de Physique Subatomique et de Cosmologie, Université Joseph Fourier, Institut Polytechnique de Grenoble , IN2P3 CNRS, Université Grenoble Alpes
4 : AGroécologie, Innovations, teRritoires, Institut National Polytechnique [Toulouse], INRA, Institut National Polytechnique (Toulouse)
5 : Institut national d'études supérieures agronomiques de Montpellier, INRA
6 : CC-IN2P3, CNRS

FG-Cloud peut-il aider à traiter de gros volumes de données satellites Sentinel 2 ? Cas de l'Identification et du suivi des peupleraies à large échelle
Hamrouni, Y. 1,2 ; Sheeren, D 2 .; Heintz, W. 2 ; Blaise, F. 2 ; Ladet, S. 2
1 Conseil National Du Peuplier, 47 Rue de Chaillot, France. 
2 DYNAFOR, Université de Toulouse, INRA, Castanet-Tolosan, France.

Modélisation de l'intéraction étoile-planète(s) : une étape cruciale dans la caractérisation des systèmes planétaires
Benjamin Tessore, George Pantolmos,
Institut de Planétologie et d’Astrophysique de Grenoble, CNRS, Université Joseph Fourier, Université Grenoble Alpes

Hébergement d'outil nationaux et internationaux au service d'une communauté internationale
Fabien Caviere 2,1, Régine Vigne-Lebbe  3,1, Anne-Sophie Archambeau 2,1 , Sophie Pamerlon  2,1
1 : Global Biodiversity Information Facility France, Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)
2 : UMS PatriNat, Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), AFB, France
3 : UPMC

Research data alliance - RDA - : an organisation towards social and technical bridges to enable the open sharing and re-use of data with full credit to FAIR (Findable, accessible, interoperable, reusable) data requirements.
 Anne Cambon-Thomsen1, Laurence Mabile  2, Mogens Thomsen 3, Romain David 4
1 : UMR1027 INSERM, Université Toulouse III - Paul Sabatier, Toulouse, FR
2 : UMR MISTEA, Montpellier SupAgro, Université de Montpellier, Institut national de la recherche agronomique (INRA), Montpellier, FR

Le Laboratoire des 2 Infinis - Toulouse (L2IT) met l’accent sur le numérique au service de l’étude de l’infiniment grand et de l’infiniment petit
 L2IT, contact Catherine Biscarat

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